Nachdem sie jahrelang von der menschlichen Welt abgeschirmt worden sind, machen sich die Brüder Leonardo, Donatello, Michelangelo und Raphael auf, mit heldenhaften Taten die Herzen der New Yorker zu gewinnen. Ihre neue Freundin April O'Neil hilft ihnen dabei, ein mysteriöses Verbrechersyndikat zu bekämpfen, doch die Situation wächst ihnen schon bald über den Kopf, als eine ganze Armee von Mutanten auf sie losgelassen wird.